肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道细菌逆行： 当尿道口周围存在细菌时，这些细菌可沿尿道上行进入膀胱，引发膀胱炎，如果细菌继续沿输尿管向上蔓延至肾脏，就会导致肾盂肾炎。比如女性尿道短而宽，且靠近肛门，更容易让细菌侵入，所以女性肾盂肾炎的发病率比男性高很多。膀胱输尿管反流： 当存在膀胱输尿管反流时，膀胱内的尿液会反流至输尿管甚至肾盂，将细菌也带过去，从而增加肾盂肾炎的发生风险。比如先天性尿路畸形可能会导致膀胱输尿管反流。
感染途径之二：血行感染
细菌通过血液传播： 身体其他部位有感染病灶，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如皮肤感染、疖、痈等，细菌随着血流到达肾脏，从而引发肾盂肾炎。这种情况相对较少见，但也不容忽视。败血症引发： 严重的败血症患者，细菌在血液中大量繁殖，也可能随着血流到达肾脏，导致肾盂肾炎。比如一些重症感染的患者，就有发生血行感染引起肾盂肾炎的可能。
易感因素影响
尿路梗阻： 尿路结石、前列腺增生等原因可引起尿路梗阻，尿液排出不畅，细菌容易在局部繁殖，从而增加肾盂肾炎的发病几率。比如尿路结石患者，尿液排出受阻，细菌容易在肾盂部位滋生。机体免疫力低下： 糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人等机体免疫力低下，身体抵抗细菌的能力减弱，更容易受到细菌侵袭引发肾盂肾炎。比如糖尿病患者由于血糖高，利于细菌生长繁殖，且自身免疫功能也受影响。妊娠因素： 女性在妊娠期间，由于内分泌及输尿管蠕动改变，容易出现尿液引流不畅，增加肾盂肾炎的发生风险。妊娠中期子宫增大，压迫输尿管，导致尿液潴留，细菌容易繁殖。