肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占60%~80%。
感染途径：上行感染为主
尿道逆行感染： 这是最主要的感染途径。当机体抵抗力下降时，尿道口周围的细菌容易通过尿道上行进入膀胱，然后再沿输尿管向上蔓延至肾脏，引发肾盂肾炎。比如女性由于尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易发生上行感染。血行感染： 较少见，多发生于机体免疫力极度低下或有严重尿路梗阻时。细菌从身体其他部位的感染灶，如皮肤感染、扁桃体炎等，通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如，败血症患者细菌可随血流到达肾脏导致感染。
易感因素：人群差异明显
女性生理结构： 女性尿道短、宽且直，长度仅3~5厘米，细菌更容易侵入。尤其是性生活后，女性尿道外口的细菌易被挤入膀胱，从而增加肾盂肾炎的发病风险。据统计，育龄女性肾盂肾炎的发病率明显高于男性。尿路梗阻： 如肾结石、输尿管结石、前列腺增生等疾病可引起尿路梗阻，导致尿液排出不畅。尿液潴留会使细菌在局部大量繁殖，容易引发肾盂肾炎。例如，肾结石患者中约有15%~20%会并发肾盂肾炎。机体免疫力低下： 长期使用免疫抑制剂、糖尿病患者、艾滋病患者等机体免疫力低下的人群，抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭。糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长繁殖，且自身免疫力下降，更易发生肾盂肾炎。泌尿系统结构异常： 如先天性输尿管狭窄、肾盂输尿管连接处梗阻等泌尿系统结构异常，会影响尿液的正常流动，使尿液淤积，为细菌滋生创造条件，增加肾盂肾炎的发病几率。
医源性因素：操作需谨慎
导尿或泌尿道器械检查： 进行导尿、膀胱镜检查、输尿管镜检查等泌尿道器械操作时，如果消毒不严格，可能将细菌带入泌尿系统，引发肾盂肾炎。一般来说，一次导尿后肾盂肾炎的发生率约为1%~2%，多次导尿则发生率会明显升高。尿路结石治疗中的操作： 在治疗尿路结石过程中，如体外冲击波碎石、经尿道输尿管镜取石等操作，如果操作不当，也可能损伤尿路黏膜，导致细菌感染，进而引发肾盂肾炎。