奥美拉唑肠溶胶囊有副作用，但一般发生率较低。据临床观察，约有1% - 3%的患者可能出现副作用。
常见的消化系统副作用
胃肠道不适：部分人服用后可能出现口干、轻度恶心、呕吐、腹胀、便秘等情况。比如有的患者服用后会感觉肚子有点胀，吃饭没什么胃口。腹泻：少数人服用后可能出现腹泻症状，一般程度较轻，但如果腹泻频繁，就需要及时就医评估是否需要调整用药。
神经系统相关副作用
头痛： 有少部分人服用奥美拉唑肠溶胶囊后会出现头痛症状，一般程度不太严重，多数人可以耐受。头晕：个别人可能会有头晕的感觉，在用药后活动时需要多注意，避免发生摔倒等意外情况。
其他系统可能出现的副作用
皮肤反应： 偶尔会有患者出现皮疹、瘙痒等皮肤过敏表现。如果出现皮肤瘙痒且皮疹逐渐加重，应停止用药并咨询医生。肝功能异常： 极个别情况下，可能会影响肝功能，导致转氨酶升高等，但这种情况发生概率非常低，一般在用药前和用药过程中医生会通过检查来监测肝功能。
特殊人群需注意的副作用
老年人： 老年人使用奥美拉唑肠溶胶囊时，副作用的发生情况可能与年轻人有所不同，更需要密切观察是否出现不适症状，因为老年人各器官功能有所减退，对药物的代谢和耐受能力可能下降。肝肾功能不全者： 肝肾功能不全的患者使用奥美拉唑肠溶胶囊时，药物的代谢和排泄会受到影响，需要在医生的严格指导下使用，医生会根据其肝肾功能情况调整用药剂量等，以减少副作用发生的风险。