肺孢子菌肺炎主要发生在免疫功能低下人群中，比如约50%的艾滋病患者会并发肺孢子菌肺炎。
症状表现特点
发热情况： 多数患者会出现发热症状，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温可高达39℃以上，发热呈持续性或间歇性。呼吸道症状： 咳嗽是常见的呼吸道表现，多为干咳，咳嗽程度轻重不一，有的患者咳嗽较为轻微，仅偶尔咳嗽几声，而有的患者咳嗽频繁，影响日常生活和睡眠。同时还会伴有呼吸困难，呼吸频率加快，可达到30次/分钟以上，严重时会出现口唇发绀等缺氧表现。
影像学表现
胸部X线检查： 早期可表现为双侧肺门周围弥漫性渗出影，逐渐发展为双肺间质浸润影，呈磨玻璃样改变，随着病情进展，可出现肺实变影。在发病后的1 - 2周内，X线表现可能会有较为明显的变化。胸部CT检查： 更能清晰地显示肺部病变情况，可见双肺弥漫性分布的磨玻璃影、网格影，有时还能看到肺实变区，病变多从肺门周围开始向周边扩展。高分辨率CT（HRCT）对肺孢子菌肺炎的诊断价值更高，能更早发现肺部细微的病变改变。
实验室检查相关表现
血气分析： 患者会出现低氧血症，动脉血氧分压（PaO₂）常低于60mmHg，同时伴有二氧化碳分压（PaCO₂）正常或降低，氧合指数（PaO₂/FiO₂）通常小于300。病原学检查： 支气管肺泡灌洗是常用的病原学检查方法，通过支气管肺泡灌洗液查找肺孢子菌的包囊或滋养体是确诊的重要依据。但这种检查操作有一定的技术要求，需要专业的医护人员进行操作，而且阳性率会受到多种因素影响，比如样本采集的时机、样本量等。