胃肠道功能紊乱的症状多样，常见的有消化不良，约有30% - 50%的胃肠道功能紊乱患者会出现饭后饱胀、早饱感，吃一点东西就觉得肚子饱了，而且这种饱腹感持续时间较长。
消化系统症状表现
腹痛腹胀： 多数患者会有腹痛情况，疼痛部位不固定，一般为隐痛或胀痛，大约有20% - 40%的患者会伴有腹胀，尤其是在进食后腹胀感更明显，可能持续数小时甚至一整天。恶心呕吐： 约10% - 20%的患者会出现恶心症状，偶尔会有呕吐，呕吐物多为胃内的消化物，呕吐后不适症状可能不会完全缓解。
肠道功能相关症状
腹泻与便秘交替： 大概有30% - 40%的患者会出现这种情况，腹泻时大便次数增多，可为稀便，每天可达3 - 5次甚至更多；便秘时排便困难，大便干结，数天一次。排便异常感： 部分患者会有排便不尽感，总觉得大便没排干净，或者有肛门坠胀感，约20% - 30%的患者会出现此类症状。
全身伴随症状
精神心理症状： 由于胃肠道功能紊乱与精神心理因素密切相关，约50% - 70%的患者会伴有精神心理症状，如焦虑、抑郁、失眠等。焦虑患者可能会出现紧张不安、忧心忡忡的情绪；抑郁患者则表现为情绪低落、对事物缺乏兴趣等；失眠患者入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。其他不适： 少数患者还可能出现乏力、头晕等全身不适症状，不过相对较少见，占比约5% - 10%。