功能性消化不良多数情况下可治愈，但易复发，需注重日常护理。患者可依情况选择一般治疗或药物治疗，症状缓解后要维持良好生活习惯以防复发。
一、一般治疗：要培养优良的生活与饮食习惯，不能熬夜，保证睡眠充足，防止暴饮暴食，远离辛辣刺激性食物，应挑选清淡、易消化且有营养的食物，还要做到戒烟、戒酒，避免长期使用非甾体抗炎药等刺激胃黏膜的药物。
二、药物治疗：功能性消化不良常有腹痛、腹胀、嗳气、恶心、呕吐等症状，可采用药物治疗。若胃酸分泌过多，可使用抑制胃酸分泌的药物，如法莫替丁片等；胃动力不足可运用促胃肠动力药，如多潘立酮片等；也可使用胃黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶等。若病情严重，伴有失眠或焦虑症状，可使用镇静药物，如硫酸阿托品片、地西泮片等。
总之，对此类患者而言，保持愉快心情，避免精神压力过大，采用健康饮食结构，可有效降低复发几率。