怀孕三个月出血主要原因包括宫外孕、先兆流产以及宫颈息肉。
一、宫外孕：即异位妊娠，是孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，其中以输卵管妊娠最为常见。其病因通常是由于输卵管管腔或周围存在炎症，致使管腔通畅情况不佳，阻碍了孕卵的正常运行，从而使其在输卵管内停留、着床、发育，最终可能导致输卵管妊娠破裂。
二、先兆流产：流产的表现有腹痛和阴道出血，若为宫内孕且出现腹痛和阴道出血，则可诊断为先兆流产，这时需要到医院进行B超检查。在B超下，医生会观察宫内胎囊有无胎芽、有无胎心，如果有胎芽和胎心且与孕周相符，出现这种腹痛、阴道出血情况时需给予保胎治疗，可口服黄体酮或地屈孕酮片进行保胎。
三、宫颈息肉：也会有少许流血现象，需要进行相关检查。
总之，怀孕3个月出现阴道流血是不正常的情况，必须要及时到医院做B超检查，明确具体情况并进行相应治疗。