舌根疼可能由多种原因引起。一般来说，口腔局部因素、全身疾病等都可能导致舌根疼痛，比如大约有10%-20%的人群可能因口腔溃疡累及舌根而出现疼痛。
口腔局部因素导致舌根疼
口腔溃疡累及舌根： 如果口腔内发生口腔溃疡，有可能蔓延到舌根部位，引起疼痛。这类口腔溃疡可能是由于维生素缺乏、局部创伤等引起，通常会有圆形或椭圆形的溃疡面，周围红肿。舌部炎症： 例如舌乳头炎，包括丝状乳头炎、菌状乳头炎等。丝状乳头炎表现为舌乳头萎缩，菌状乳头炎则会使菌状乳头红肿、疼痛，可能累及舌根部位，一般与局部刺激、感染等因素有关。
全身疾病引发舌根疼
感染性疾病： 如病毒感染引起的疱疹性口炎，可能在舌根等部位出现水疱，破溃后形成溃疡，导致疼痛。细菌感染引起的口腔炎症也可能波及舌根，造成疼痛。免疫系统疾病： 像扁平苔藓，可能会累及舌部包括舌根，出现白色条纹、糜烂等病变，伴有疼痛不适。这种疾病与自身免疫功能紊乱有关。
其他因素造成舌根疼
不良刺激： 长期食用过烫、过于辛辣的食物，会对舌根黏膜造成刺激，引起疼痛。另外，佩戴不合适的假牙等，长期摩擦舌根，也可能导致疼痛。肿瘤性病变： 虽然相对少见，但舌根部的肿瘤也可能引起疼痛，早期可能症状不典型，随着病情发展，疼痛可能会加重，还可能伴有舌部肿块、溃疡不愈合等表现。