肛门两侧长很多小疙瘩，可能与毛囊炎、尖锐湿疣等有关。可采取如下治疗方式：
一、毛囊炎：
1.病因：通常是因个人不良卫生习惯、高温、多汗等因素，使得肛周细菌过度繁殖，对毛囊形成刺激，进而引发肛周皮肤出现炎症。
2.症状表现：常表现为红色充实性小疙瘩、毛囊性脓疱疮等。
3.治疗药物：可以遵医嘱局部涂抹莫匹罗星软膏、夫西地酸钠软膏等药物进行治疗。
二、尖锐湿疣：
1.病因：由感染HPV而引起的增生性疾病。
2.症状表现：常会出现在生殖器、肛周等潮湿部位，表现为米粒状赘生物，形如小疙瘩，质地比较韧，常会伴有皮肤发痒的症状。
3.治疗药物：可以遵医嘱局部使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等药物进行治疗。
若出现肛门两侧长小疙瘩的情况，建议及时到医院就诊检查，根据具体情况，积极配合医生治疗。
关键点信息：肛门两侧小疙瘩可能病因、毛囊炎的病因症状及治疗药物、尖锐湿疣的病因症状及治疗药物、出现该情况的处理建议。