肛门两侧长很多小疙瘩，可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹等疾病引起。以下是这些疾病的介绍、病因、症状及治疗方法：
1.尖锐湿疣：
由人乳头瘤病毒（HPV）感染肛门、生殖器部位皮肤黏膜引起。
HPV主要通过性行为传播，间接接触被污染的物品也可能感染。
肛门尖锐湿疣初期为粟粒大、质地柔软的淡红色丘疹，逐渐增大增多，可融合成乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物。部分患者可有异物感、灼痛、刺痒或性交痛。
治疗方法包括外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）、物理治疗（如激光、冷冻、电灼等）和手术治疗。
2.扁平湿疣：
是二期梅毒的皮肤损害之一，主要由梅毒螺旋体感染引起。
梅毒主要通过性接触传播，也可通过血液传播、母婴传播。
扁平湿疣好发于肛周、外生殖器等部位，表现为扁平丘疹，表面湿润，呈肉红色或铜红色，可有糜烂、渗出。
治疗方法主要是驱梅治疗，即使用青霉素进行规范治疗。
3.肛门湿疹：
是一种常见的非传染性皮肤病，与多种内外因素有关。
病因复杂，可能与过敏、局部刺激、精神因素、系统性疾病等有关。
肛门湿疹主要表现为肛门周围皮肤的红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等，伴有瘙痒。
治疗方法包括一般治疗（如保持局部清洁、避免搔抓、避免刺激性食物等）、药物治疗（如糖皮质激素、抗组胺药等）和物理治疗（如紫外线疗法、光疗等）。
如果发现肛门两侧长了很多小疙瘩，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，要注意个人卫生，避免搔抓，避免不洁性行为。