灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗方法有外用药物、口服药物等，一般需要较长时间坚持治疗。比如外用药物治疗，常用的有阿莫罗芬搽剂等，每周使用1 - 2次，连续使用数月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次。不过，一般需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏：属于广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌等有抑制作用。可以直接涂抹在病甲上，每天使用1 - 2次，坚持使用一段时间有助于改善灰指甲状况，但要注意避免接触到眼睛和口腔等黏膜部位。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成。采用冲击疗法，即每次200mg，每天2次，连用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬：是一种丙烯胺类抗真菌药物，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长繁殖。一般成人每次250mg，每天1次，疗程一般为6 - 12周，具体要根据病甲生长情况而定。同样，使用前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术：过去常用的方法，但现在应用相对减少。适用于单发的灰指甲，在局部麻醉下将病甲拔除。不过，拔甲后创面容易感染，而且新长出的指甲可能仍会复发，术后需要精心护理，避免沾水等，防止感染加重。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，起到抑制真菌的作用。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，对周围正常组织损伤较小，但费用相对较高，而且不是所有患者都适合激光治疗，需要医生评估病情后决定。