自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究表明可能与以下因素有关。目前认为遗传因素在自闭症的发病中占据重要地位，有研究显示，自闭症儿童的一级亲属中患自闭症的风险比普通人群高约20倍左右。
遗传因素方面
基因层面影响： 大量研究发现，多个基因的突变或变异与自闭症的发生相关。例如，一些涉及神经发育、突触功能等相关的基因发生改变时，就可能增加患自闭症的几率。比如位于染色体16p11.2区域的基因异常，与自闭症的关联较为密切。家族遗传倾向： 如果家族中有自闭症患者，那么其他家庭成员患自闭症的风险会明显升高。有数据统计，若父母一方患有自闭症，子女患病风险约为5% - 10%；若父母双方都患病，子女患病风险可高达25% - 50%。
孕期因素影响
母体感染： 孕妇在孕期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响胎儿的神经系统发育，从而增加孩子患自闭症的风险。有研究发现，孕期感染风疹病毒的孕妇所生婴儿，自闭症的发病率比正常孕妇所生婴儿高2 - 3倍。孕期用药不当： 孕妇在孕期如果擅自服用一些可能影响胎儿神经发育的药物，也可能对胎儿造成不良影响。例如某些抗癫痫药物，如果在孕期不合理使用，可能会增加胎儿患自闭症的可能性。
环境因素作用
早期环境刺激不足： 孩子在婴幼儿时期，如果所处的环境过于单调，缺乏足够丰富的感官刺激和互动交流，可能会对其神经发育产生不利影响，增加自闭症的发病风险。比如长期处于很少与人交流、缺乏玩具等多样刺激的环境中。重金属暴露： 儿童如果接触过多的重金属，如铅等，也可能干扰神经系统的正常发育，进而与自闭症的发生相关。有研究表明，血液中铅含量较高的儿童，患自闭症的概率比铅含量正常的儿童要高。