手指甲上有凹陷，可能是以下原因引起：
1.指甲营养不良：指甲的生长需要多种营养物质，如蛋白质、维生素、矿物质等。如果身体缺乏这些营养物质，指甲就可能出现凹陷、变薄、易碎等问题。营养不良还可能伴有其他症状，如头发枯黄、皮肤干燥、容易疲劳等。
2.扁平苔藓：这是一种皮肤和黏膜的慢性炎症性疾病，可累及指甲，导致指甲出现凹陷、纵嵴、增厚等改变。扁平苔藓还可能伴有口腔或生殖器黏膜的损害，表现为红斑、丘疹、水疱等。
3.银屑病：俗称牛皮癣，是一种常见的慢性炎症性皮肤病。指甲银屑病可表现为甲板上有点状凹陷，或甲板不平，失去光泽，有时还会出现甲分离。
4.湿疹：一种常见的过敏性皮肤病，可发生在身体的各个部位，包括指甲。湿疹导致的指甲改变主要是甲板增厚、粗糙、有纵嵴、凹陷等。
5.感染：某些细菌、真菌或病毒感染也可能引起指甲病变，如灰指甲、甲沟炎等，导致指甲出现凹陷、变色、变形等。
6.外伤：指甲受到外力撞击、挤压、切割等损伤后，可能会出现凹陷或畸形。这种情况通常会随着指甲的生长而逐渐恢复。
7.系统性疾病：某些系统性疾病，如银屑病、扁平苔藓、湿疹等，也可能影响指甲的健康，导致指甲出现凹陷等异常。
8.遗传因素：某些指甲疾病可能与遗传有关，如先天性厚甲症、反甲等。
如果发现手指甲有凹陷，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、微量元素、真菌镜检、病理检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持指甲的清洁卫生，避免过度修剪或使用刺激性的指甲油、清洁剂等。