手指甲上有凹陷可能是由以下原因引起的：
1.营养不良：缺乏某些营养素，如铁、钙、维生素等，可能导致手指甲变薄、凹陷。
缺铁可能导致缺铁性贫血，影响指甲的正常生长。
维生素缺乏，尤其是维生素D和钙，可能影响指甲的硬度和形状。
2.指甲感染：真菌感染（灰指甲）或细菌感染可能导致指甲变形、凹陷。
灰指甲通常伴有指甲变色、增厚、易碎等症状。
细菌感染可能引起甲沟炎，导致指甲周围红肿、疼痛。
3.扁平苔藓：这是一种自身免疫性疾病，可能影响指甲和皮肤。
扁平苔藓可导致指甲出现凹陷、纵嵴、变色等异常。
4.银屑病：银屑病患者的指甲可能出现凹陷、增厚、变色等问题。
5.外伤：指甲受到重击、挤压或其他损伤可能导致凹陷。
6.疾病：某些系统性疾病，如心脏病、糖尿病、贫血等，可能影响指甲的健康。
7.遗传因素：某些遗传疾病可能导致指甲发育异常。
如果发现手指甲有凹陷，建议及时就医，医生会根据具体情况进行详细的身体检查和必要的实验室检查，以确定原因并制定相应的治疗方案。同时，保持良好的指甲护理习惯，避免过度修剪指甲、使用刺激性化学品等，也有助于维持指甲的健康。对于特定人群，如孕妇、儿童、老年人等，指甲凹陷可能与特定的健康问题相关，因此需要特别关注。如果对指甲的异常情况有任何疑虑，最好咨询医生的意见。