治疗鼻窦炎常用的药物主要有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素多在细菌感染引发鼻窦炎时使用，比如阿莫西林克拉维酸钾等，通常需要使用10天左右来控制细菌感染。
抗生素类药物
青霉素类：如果是细菌感染导致的鼻窦炎，青霉素类抗生素如阿莫西林，对多种细菌有抑制作用，可用于敏感菌引起的鼻窦炎，但使用前需确认患者不对青霉素过敏。头孢类：头孢菌素类药物也是常用的，像头孢克洛，对常见的引起鼻窦炎的病原菌有较好的抗菌活性，不过对头孢过敏者禁用。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂：它能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，一般每天使用1 - 2次，每次每侧鼻腔1喷，连续使用时间通常根据病情而定，但不建议长期超量使用。糠酸莫米松鼻喷雾剂：同样可以减轻鼻黏膜的炎症水肿，适用于成人和青少年的鼻窦炎，使用时要注意按照正确方法喷鼻，孕妇及哺乳期妇女需谨慎使用。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊：可以促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出鼻腔内的黏液，一般成人一次0.3g，一日3 - 4次，儿童剂量需根据年龄和体重调整，它能改善鼻窦的通气引流情况。标准桃金娘油肠溶胶囊：也有促进黏液排出的作用，能使黏液变稀，易于排出，成人一般一次300mg，一日2 - 3次，儿童用药需在医生指导下进行，对本品过敏者禁用。
减充血剂
麻黄碱滴鼻液：能收缩鼻腔黏膜血管，减轻鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，长期使用可能会引起药物性鼻炎，儿童使用要特别注意，因为儿童对其不良反应更敏感。赛洛唑啉滴鼻液：也可缓解鼻塞，但同样不能长期大量使用，避免导致鼻黏膜反跳性充血等问题，6岁以下儿童不推荐使用。