肛瘘治疗需根据具体情况选择合适方式，一般来说，手术是主要的治疗手段，部分简单肛瘘通过手术有较高的治愈可能。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘，手术将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。该方法操作相对简单，能直接处理瘘管。挂线疗法：多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘。通常需要10 - 14天左右让瘘管逐步切开，对肛门括约肌损伤较小，能较好保护肛门功能。
非手术治疗情况
药物辅助：在急性发作期，可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘。一般是用于手术前后的辅助治疗或无法手术时的临时控制。坐浴：可用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能清洁肛门局部，改善血液循环，缓解症状，但不能治愈肛瘘。
术后注意事项
伤口护理：术后要保持伤口清洁，按时换药，观察伤口愈合情况。如果伤口出现红肿、渗液等异常情况要及时就医。一般术后1 - 2周伤口会逐渐愈合。饮食调整：术后应避免吃辛辣、刺激性食物，多吃富含纤维素的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，防止便秘或腹泻影响伤口愈合。每天保证摄入足够的水分，一般建议饮水量在1500 - 2000毫升左右。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也需适当活动，促进血液循环。一般术后1周左右可逐步恢复正常活动，但3个月内要避免久坐、久站等。