肛瘘的治疗通常以手术为主，一般通过手术将瘘管切开或切除，从而促进愈合，手术方式有多种，具体需根据肛瘘的类型等情况选择，比如低位单纯性肛瘘，通常手术效果较好，术后恢复相对较快。
手术治疗方式
低位肛瘘手术：对于低位单纯性肛瘘，常采用瘘管切开术，直接将瘘管切开，使其敞开引流，创面逐渐愈合。这种手术相对简单，术后恢复时间一般在2~4周左右。高位肛瘘手术：高位复杂性肛瘘手术相对复杂，常用挂线疗法。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线疗法可以避免一次性切断肛管直肠环，防止肛门失禁，术后需要定期换药，一般需要1~2个月左右恢复。
非手术治疗情况
药物辅助：在手术前后可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗一般不能根治肛瘘，仅能作为辅助手段。不过药物治疗适用于一些不能耐受手术或急性感染发作期的患者，但药物只能暂时缓解症状，不能彻底治愈肛瘘。坐浴：可使用温水或中药坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，能清洁肛门，促进局部血液循环，减轻炎症，缓解症状，但不能治愈肛瘘。
术后康复注意事项
饮食方面：术后应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物可能会刺激伤口，影响愈合。多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果、粗粮等，保持大便通畅，每天保证大便1~2次，避免便秘对伤口的影响。创面护理：要保持肛瘘手术创面的清洁，按照医生要求定期换药，观察创面愈合情况。如果创面有渗血、渗液或异常疼痛等情况，要及时告知医生进行处理。同时，要避免久坐，适当进行活动，促进血液循环，利于创面恢复。