心脏神经官能症的治疗药物选择需根据具体症状来，一般常用调节神经功能的药物等。通常可以使用谷维素等药物，它能调节植物神经功能，一般一次10 - 30毫克，一日3次。还可以使用β受体阻滞剂，比如普萘洛尔，它能缓解心悸等症状，但哮喘患者禁用。
调节神经功能药物
谷维素： 它是从米糠油中提取的一种维生素类药物，能调整自主神经功能，减少内分泌平衡障碍，改善精神神经失调症状。一般每次服用10 - 30毫克，每天服用3次。它的副作用相对较少，偶有胃部不适、恶心、呕吐、口干、皮疹、乳房胀痛、油脂分泌过多、脱发、体重增加等不良反应，停药后均可消失。维生素B1： 参与体内辅酶的形成，能维持正常糖代谢及神经、消化系统功能。成人每次10 - 15毫克，每天3次。缺乏维生素B1时，可引起神经系统病变，如脚气病等，而补充后能改善相关神经症状，对心脏神经官能症可能有辅助调节作用。
β受体阻滞剂类药物
普萘洛尔： 可阻断心脏上的β1受体，减慢心率，减弱心肌收缩力，降低心肌耗氧量，缓解心悸等症状。但哮喘患者、心源性休克患者、Ⅱ - Ⅲ度房室传导阻滞患者等禁用。它可能会引起乏力、嗜睡、头晕、失眠、恶心、腹胀、皮疹、晕厥、低血压、心动过缓等不良反应。美托洛尔： 同样属于β受体阻滞剂，对心脏的β1受体有选择性阻断作用，可降低心率、减少心输出量。一般用于治疗高血压、心绞痛等，对心脏神经官能症出现的心悸等症状也有一定缓解作用。严重心动过缓、Ⅱ - Ⅲ度房室传导阻滞、失代偿性心力衰竭等患者禁用。可能出现的不良反应有疲劳、头痛、头晕、肢端发冷、心动过缓、恶心、呕吐、腹泻等。
抗焦虑抑郁药物
黛力新： 是一种复方制剂，由氟哌噻吨和美利曲辛组成，适用于轻、中度焦虑 - 抑郁状态。一般每天2次，早晨及中午各1片；严重病例早晨的剂量可加至2片。不良反应较少，可能会出现轻微口干、夜间服用可能影响睡眠等情况。但患有心脏疾病的患者使用时需谨慎，严重的心脏疾病、肝肾功能不全等患者要在医生指导下使用。帕罗西汀： 属于选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂，能有效改善抑郁、焦虑等情绪障碍。用于心脏神经官能症伴有明显焦虑、抑郁情绪的患者。一般初始剂量为每天20毫克，早餐时顿服，根据患者反应可每周增加10毫克。可能出现的不良反应有口干、便秘、头痛、震颤、乏力、嗜睡、失眠等，严重肝肾功能不全者禁用。