卵巢早衰的病因较为复杂，主要包括遗传因素、自身免疫性疾病、医源性因素以及环境和生活方式等方面。
遗传因素
部分卵巢早衰与遗传有关，如X染色体相关基因异常等，某些特定的基因突变可能增加卵巢早衰的发生风险，且具有一定的家族遗传倾向，若家族中有卵巢早衰患者，其他女性成员患病风险可能升高。
自身免疫性疾病
自身免疫性疾病可累及卵巢，如甲状腺炎、类风湿关节炎等自身免疫性疾病，机体的免疫系统错误地攻击卵巢组织，导致卵巢功能受损，引发卵巢早衰。这类患者往往同时存在自身抗体阳性等免疫相关异常表现。
医源性因素
- 手术因素：如卵巢切除术、盆腔手术等，可能直接破坏卵巢组织，影响卵巢功能，导致卵巢早衰。
- 放疗和化疗：某些恶性肿瘤患者接受盆腔部位的放疗或化疗，射线和药物可能损伤卵巢中的卵泡，使卵泡数量减少或功能丧失，从而引发卵巢早衰，尤其对于年轻患者，此类治疗对卵巢功能的影响更为显著。
环境和生活方式
- 环境污染物：长期接触一些环境中的有毒有害物质，如某些化学毒物、重金属等，可能对卵巢功能产生不良影响，干扰卵巢的正常生理过程，增加卵巢早衰的发生几率。
- 生活方式：长期熬夜、过度吸烟饮酒、精神压力过大等不良生活方式也可能影响内分泌系统，进而影响卵巢功能。长期的精神紧张会导致内分泌失调，影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，使得卵巢分泌功能异常，引发卵巢早衰。