雌激素和孕激素在女性生殖系统等方面有着重要作用。女性体内雌激素能促进女性生殖器官的发育，比如使子宫内膜增生，一般女性在青春期后雌激素水平会逐渐上升来推动第二性征的出现，像乳房发育等；还能维持女性的第二性征，让皮肤变得细腻等。孕激素则主要是在雌激素作用基础上发挥作用，比如孕激素可以使增生期的子宫内膜转化为分泌期内膜，为受精卵着床做准备，若受精卵未着床，孕激素水平下降会导致子宫内膜脱落来月经，一般女性月经周期中孕激素水平会有波动变化。
对生殖系统的作用
促进子宫变化：雌激素能让子宫发育，使子宫内膜增厚，为受精卵着床创造条件；孕激素能让增厚的子宫内膜从增殖期转变为分泌期，利于受精卵着床，如果没有受孕，孕激素水平下降，子宫内膜就会脱落形成月经。影响输卵管：雌激素能促进输卵管的蠕动，有助于卵子向子宫方向移动；孕激素也会对输卵管蠕动有一定调节作用，配合雌激素保障生殖过程顺利。
对第二性征的作用
雌激素与第二性征：雌激素能促使乳房发育，让乳腺导管增生等，还能让女性的骨盆变宽等，塑造女性特有的身体形态。一般在青春期，随着雌激素水平升高，乳房开始逐渐发育隆起。孕激素与第二性征：孕激素在一定程度上也参与第二性征相关变化，不过相对雌激素来说，其在第二性征方面的直接作用没有雌激素那么突出，但也协同维持女性的生理特征。
对身体其他系统的影响
对骨骼的作用：雌激素有助于维持骨骼的密度，能减少骨量丢失，预防骨质疏松，一般女性在35岁左右骨量达到峰值，之后随着雌激素水平变化，骨量会有相应改变，绝经后雌激素水平下降，骨质疏松风险增加。对心血管系统的作用：雌激素有一定保护心血管的作用，能影响血脂代谢等，使心血管系统保持相对健康状态，不过绝经后这种保护作用会减弱，女性绝经后心血管疾病风险相对增加。