阴茎短小的治疗方式需根据具体情况而定。一般来说，成年男性阴茎勃起后长度小于 8 厘米，非勃起状态小于 3 厘米可考虑治疗。
非手术治疗方式
观察等待： 对于大部分男性，阴茎在青春期发育基本完成后，长度相对稳定。如果阴茎长度在正常范围内的低限，但不影响正常性生活等，可选择观察等待，无需特殊干预。心理调节： 部分因阴茎短小产生心理压力的人群，通过心理调节很重要。要正确认识阴茎的正常生理范围，避免过度焦虑，可通过与伴侣沟通、参加心理辅导等方式缓解心理负担，这对改善生活质量有帮助。
手术治疗方式
阴茎延长术： 该手术是通过切断阴茎浅、深悬韧带及部分耻骨弓状韧带，使埋藏在体内的阴茎海绵体分离出来，从而增加阴茎的外露长度。一般适用于阴茎发育不良、外伤导致阴茎部分缺损等情况。但手术有一定风险，如出血、感染、阴茎勃起功能障碍等，且术后阴茎外观和功能恢复情况因人而异。阴茎增粗术： 主要有自体脂肪注射增粗术和假体植入增粗术等。自体脂肪注射增粗术是从自身其他部位吸取脂肪，经过处理后注射到阴茎部位，但存在脂肪吸收等问题；假体植入增粗术是植入人工假体来达到增粗效果，不过假体有一定使用寿命，且可能出现感染、假体排斥等并发症。
激素治疗情况
适用人群： 对于因体内雄激素缺乏导致的阴茎短小，可考虑激素治疗。比如青春期前因雄激素分泌不足引起阴茎发育不良的患者，可在医生评估后补充雄激素。但激素治疗需严格掌握适应证和禁忌证，且要定期监测激素水平等指标，因为滥用激素可能会带来如内分泌紊乱、肝肾功能损害等不良后果。