男人阴茎短小的治疗方式需根据具体情况来定。一般来说，若成年男性阴茎勃起长度不足3厘米，且影响性生活等情况，可能需要考虑手术等方式。
非手术治疗情况
青春期发育干预：对于处于青春期的男性，如果阴茎短小是因激素等因素导致，在排除其他疾病情况下，可关注自身激素水平。但激素治疗需谨慎，因为青春期激素水平有自身变化规律，且不当使用激素可能带来副作用。比如有部分因内分泌疾病引起阴茎短小的青少年，可能需要在医生评估下考虑相关内分泌调节，但要严格遵循医嘱，且不是所有青春期阴茎短小都需要激素干预。生活方式调整：保持健康的生活方式对身体整体状况有影响，虽然对阴茎短小直接改善可能有限，但也很重要。要保证充足睡眠，每天尽量保证7~8小时高质量睡眠，睡眠不足可能影响身体内分泌等功能。还要适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，运动有助于提高身体代谢和整体健康状态，但不能期望通过运动直接使阴茎变长。
手术治疗情况
阴茎延长术：这是一种通过手术方式来延长阴茎的方法。手术原理是切断阴茎悬韧带，将体内部分的阴茎海绵体释放出来，从而增加阴茎的外露长度。不过该手术有一定适应人群和风险。一般适用于阴茎发育不良、外伤等导致的阴茎短小，且患者需年满18周岁以上。手术存在一定并发症风险，如出血、感染、阴茎勃起功能障碍等概率。术后需要一定时间恢复，通常需要1~2个月左右才能基本恢复正常生活，但也不是所有人术后效果都完全理想。阴茎增粗术：另一种手术方式是阴茎增粗术，常见的方法有自体脂肪注射增粗术和人工材料填充增粗术等。自体脂肪注射增粗术是从自身其他部位抽取脂肪，经过处理后注射到阴茎海绵体周围，达到增粗效果，但脂肪有吸收问题，可能需要多次注射才能达到较好效果。人工材料填充增粗术是使用硅胶等人工材料来填充增粗阴茎，但可能存在材料排异等风险，而且术后也需要注意护理，避免感染等情况发生。
特殊人群注意事项
未成年人需谨慎：对于未成年人来说，阴茎还在发育过程中，一般不建议过早进行针对阴茎短小的手术等干预措施。因为青春期有自然发育的阶段，过早干预可能会影响正常的生理发育过程。如果家长发现未成年人阴茎明显异常短小，应及时带孩子到正规医院儿科或泌尿外科进行详细检查，由专业医生评估是否存在内分泌等疾病等情况，再决定后续处理方式，而不是轻易采取手术等激进治疗手段。