治疗肠炎的药物需根据具体类型选择，一般来说，感染性肠炎常用抗生素等药物，非感染性肠炎用药不同。比如细菌感染引起的肠炎，常用诺氟沙星等，但儿童、孕妇等特殊人群用药有严格限制。
感染性肠炎常用药物
细菌感染性肠炎：若由大肠杆菌等细菌感染导致，常用喹诺酮类药物，不过18岁以下人群一般不建议使用喹诺酮类药物，因为可能影响软骨发育。例如诺氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。病毒感染性肠炎：对于病毒引起的肠炎，如轮状病毒肠炎，目前暂无特效抗病毒药物，主要是对症治疗。但可以使用肠黏膜保护剂，像蒙脱石散，它能覆盖在肠黏膜表面，吸附病原体和毒素，起到保护肠黏膜的作用，儿童也能使用。
非感染性肠炎常用药物
自身免疫性肠炎：比如溃疡性结肠炎，常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸能抑制炎症介质前列腺素、白三烯的合成，从而减轻肠道炎症。不过服用柳氮磺吡啶可能会出现恶心、呕吐等不良反应，服药期间要定期检查血常规等。缺血性肠炎：主要是改善肠道血液循环，可使用扩张血管的药物，如胰激肽原酶，它能使激肽原水解为激肽，激肽具有扩张血管、改善微循环的作用，但有出血倾向的患者要慎用。
特殊人群用药注意
儿童肠炎：儿童肠炎用药需格外谨慎，感染性肠炎如果是细菌感染，一般不首选喹诺酮类药物，可选用头孢类抗生素，如头孢克肟，但要根据儿童体重计算用量。非感染性肠炎如儿童自身免疫性肠炎相对少见，用药更需遵循儿科用药原则。老年人肠炎：老年人肠炎用药要考虑肝肾功能，很多药物通过肝肾代谢，如一些抗生素，老年人使用时可能需要调整剂量。例如氨基糖苷类抗生素，老年人使用易导致肾功能损害，所以要密切监测肾功能。