治疗结肠炎的药物选择需根据具体类型而定，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的一类，如柳氮磺吡啶，约70%左右的轻、中度结肠炎患者使用后能得到较好缓解。
氨基水杨酸制剂：
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物通过抑制肠道炎症介质来发挥作用。比如美沙拉嗪，有口服剂型也有栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪适用于病变累及全结肠的患者；栓剂和灌肠剂则主要针对病变局限在直肠和乙状结肠的患者，能直接作用于病变部位，起效相对较快。柳氮磺吡啶： 是比较传统的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用。但部分患者可能会出现过敏反应，如皮疹、瘙痒等，还有可能影响造血系统，导致白细胞减少等，所以用药期间需要定期监测血常规。
糖皮质激素：
全身性糖皮质激素： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可考虑使用。如泼尼松，一般起始剂量为每日30 - 60毫克，病情控制后逐渐减量。不过长期使用全身性糖皮质激素会带来较多副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，所以需要密切监测患者的骨密度、血糖以及有无感染迹象等。局部用糖皮质激素： 对于病变局限在直肠、乙状结肠的患者，可使用布地奈德灌肠剂等。局部用药相对全身性用药副作用要小一些，因为药物主要在局部发挥作用，进入全身血液循环的量较少，能减少全身性的不良反应，但也需要注意局部使用可能出现的肠道刺激等情况。
免疫抑制剂：
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的慢性持续型结肠炎患者。它通过抑制免疫细胞的增殖来发挥作用，一般起效较慢，通常需要数月才能看到明显效果。在使用过程中，要定期监测肝功能和血常规，因为它可能会引起肝功能损害以及白细胞减少等不良反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗。同样需要关注其对骨髓抑制和肝功能的影响，用药期间要遵循医生的安排定期进行相关指标的检查。