肛瘘若要治愈必须进行手术治疗，不能不手术，但手术时间可依患者病情状况来决定。若处于疾病稳定期，可暂时无需手术处理；若处于疾病发作期，则需在机体能耐受手术的情况下进行手术治疗。
一、处于疾病稳定期：部分患者在此阶段可能并无任何表现，此时可暂不手术，但应遵医嘱进行药物治疗。比如可采用高锰酸钾溶液坐浴，或是使用中药液熏洗。
二、处于疾病发作期：这时患者会出现累及部位疼痛、肿胀、流脓等情况，需要在机体能够承受手术时尽快进行手术，包含肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。若不进行手术，可能导致肛门持续出现脓性分泌物，还会累及周围皮肤引发湿疹，甚至造成全身感染。对于进行手术的患者，术后要注重创面护理，还要保证每日排便。为避免因大便干硬影响排便，可在饮食上做出调整，建议以流食或半流食为主，这样能增加粪便中的水分。在恢复过程中，除了上述需注意的要点外，还要明确避免久坐或长时间站立，以防疾病复发。
总之，肛瘘的治疗要根据病情所处阶段来合理安排，稳定期可先药物治疗观察，发作期则需及时手术，术后要做好各方面护理，以促进康复和防止复发。