紧急避孕药是无防护性生活或避孕失败后的补救措施，频繁服用可能带来多种危害。一般来说，一年内服用紧急避孕药最好不超过3次。
月经紊乱方面的危害
月经周期改变： 服用紧急避孕药后，约有10%的女性会出现月经周期紊乱。可能出现月经提前或推迟的情况，提前或推迟时间可能在1~2周左右。比如本应28天左右来一次月经，服药后可能变成35天甚至更长时间来一次。月经量变化： 有的女性服用后会出现月经量减少，甚至有个别女性会出现闭经情况；也有少数人会出现月经量增多的现象。
胃肠道不适方面的危害
恶心呕吐： 约有50%的人服用紧急避孕药后会出现恶心症状，其中20%左右会出现呕吐。一般在服药后的1~2小时内出现，恶心症状较轻的可能只是稍有不适，严重的会持续较久，影响食欲。肠胃不适： 还可能伴有腹痛、腹泻等胃肠道不适症状，腹痛一般为下腹隐痛，腹泻程度轻重不一，轻度腹泻可能只是每天大便次数比平时多1~2次，严重的可能每天腹泻数次，影响身体水分和电解质平衡。
对内分泌的影响危害
激素水平波动： 紧急避孕药含有高剂量的孕激素，会影响女性体内正常的激素水平。服药后可能导致雌激素水平短暂升高，然后迅速下降，这种波动可能影响身体多个系统的功能。影响排卵： 部分女性服用后会出现排卵异常，原本规律的排卵可能受到干扰，有的女性服药后当月就可能出现不排卵情况，从而影响受孕几率，但这种影响大多是暂时的，一般停药后1~3个月会逐渐恢复正常排卵。
其他潜在危害
避孕失败风险： 紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，约有2%~4%的失败率。如果服药后月经推迟超过1周，就要考虑怀孕的可能，需要用验孕棒等进行检测，以明确是否避孕失败。心理负担： 频繁服用紧急避孕药可能会给女性带来心理压力，担心避孕失败、出现各种不适症状等，影响心理健康。