脉络丛囊肿的具体病因目前尚不十分明确，可能与胎儿发育过程中的多种因素有关。一般认为，它主要是在胎儿脑部发育时，脉络丛结构发生变化所导致。不过，大部分脉络丛囊肿会在妊娠26周左右自行消失。
染色体因素相关
染色体异常关联： 有研究发现，部分脉络丛囊肿可能与染色体异常存在一定联系，比如21 - 三体综合征等染色体疾病相关的胎儿，出现脉络丛囊肿的概率相对较高。但这并不是绝对的，大多数单纯的脉络丛囊肿并不意味着胎儿一定有染色体问题。唐氏筛查的意义： 孕妇在孕期进行唐氏筛查等检查，可以辅助评估胎儿患染色体疾病的风险。如果发现脉络丛囊肿，结合唐氏筛查的结果等综合判断胎儿情况。
脑部发育过程因素
脑室系统发育阶段： 在胎儿脑部脑室系统发育过程中，脉络丛是产生脑脊液的重要结构。在特定的发育阶段，脉络丛局部出现小的囊肿样改变，可能是因为脉络丛内的小血管局部扩张等原因形成。一般在妊娠中期时超声检查较易发现脉络丛囊肿。后期变化情况： 随着胎儿进一步发育，多数脉络丛囊肿会逐渐缩小甚至消失。这是因为胎儿脑部的发育具有一定的自我调整和完善机制，在合适的发育阶段，之前形成的小囊肿会被吸收等。
其他可能因素
遗传因素影响： 虽然目前没有明确的脉络丛囊肿遗传规律，但有一定的家族性倾向推测。如果家族中有过胎儿出现脉络丛囊肿且最终自行消失的情况，后续胎儿出现脉络丛囊肿的风险可能相对有一定的参考性，但这也不是绝对的遗传导致。环境因素推测： 目前虽然没有确凿证据表明环境因素直接导致脉络丛囊肿，但孕期一些不良的环境接触，如过度接触辐射等，可能会对胎儿发育产生一定影响，不过这与脉络丛囊肿的直接关联还不明确，只是存在一定的推测性关联。