脉络丛囊肿的发生目前确切病因还不完全明确，一般认为可能与胎儿发育过程中的多种因素有关。有研究发现，大约90%以上的脉络丛囊肿会在妊娠26周以后逐渐缩小或消失。
染色体因素相关
染色体异常可能关联： 部分脉络丛囊肿可能与胎儿染色体异常存在一定关联，比如21 - 三体综合征等染色体疾病相关。如果在产检中发现脉络丛囊肿，有时会建议进一步进行染色体方面的检查，像羊水穿刺等，来排查是否存在染色体异常情况。特定染色体区域变化： 有研究提示，某些染色体区域的基因表达或结构变化可能影响脉络丛的发育，从而导致脉络丛囊肿的形成，但具体的分子机制还在进一步研究中。
脑脊液循环相关
脑脊液流动异常影响： 脉络丛是产生脑脊液的重要结构，当脑脊液的循环通路出现轻度异常时，可能会影响脉络丛局部的液体环境，进而导致脉络丛局部出现囊肿样改变。不过这种脑脊液循环的异常往往是比较轻微且暂时的，很多情况下会随着胎儿发育自行调整。局部脑脊液积聚因素： 脉络丛局部可能出现暂时性的脑脊液积聚，使得局部组织膨出形成囊肿。但一般这种积聚是短暂的，多数会在胎儿生长发育过程中被吸收或调整，囊肿也就随之消失。
发育阶段相关
胎儿发育早期影响： 在胎儿发育的早期阶段，脉络丛的结构还在不断完善过程中。如果在这个阶段受到一些轻微的内环境变化或者发育调控因素的小波动，就可能导致脉络丛局部出现小的囊性改变。比如在妊娠早期，胎儿的神经系统等还在快速分化，一些细微的因素都可能对脉络丛的发育产生影响。中晚期的变化趋势： 随着妊娠进展到中晚期，胎儿的各个器官系统发育逐渐成熟，脉络丛囊肿多数会逐渐缩小甚至消失。所以在孕期产检发现脉络丛囊肿后，也不要过于惊慌，很多情况下会有良好的转归。