肠道菌群失调的治疗可通过调整饮食、补充益生菌以及治疗基础疾病等来进行。一般来说，通过科学合理的干预，多数肠道菌群失调能得到改善。
饮食调整很关键
均衡膳食结构： 每天应保证摄入足够的蔬菜和水果，建议成年人每天吃300~500克蔬菜，200~350克水果，以补充膳食纤维等，促进肠道有益菌生长。比如多吃富含膳食纤维的燕麦、玉米等全谷物食物，以及西兰花、菠菜等蔬菜。控制刺激性食物摄入： 要减少辛辣、油腻食物的摄取，像辣椒、油炸食品等，这类食物容易刺激肠道，破坏菌群平衡，应尽量避免频繁食用。
益生菌补充有讲究
常用益生菌种类： 常见的有双歧杆菌、乳酸菌等益生菌制剂。例如双歧杆菌四联活菌片，里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌。服用注意事项： 益生菌一般建议用温水送服，水温不宜超过40℃，因为过高的温度会杀死益生菌，影响其活性。而且不要和抗生素同时服用，若因病情需要同时用，最好间隔2~3小时。
基础疾病治疗不可忽视
治疗肠道感染： 如果是肠道感染引起的菌群失调，比如因大肠杆菌感染导致，需要根据病情使用合适的抗生素来控制感染。一般轻度感染可能口服抗生素即可，如诺氟沙星，但需在医生指导下使用，避免滥用导致菌群失调加重。管理慢性疾病： 对于像糖尿病等慢性疾病引起的肠道菌群失调，要积极控制血糖。糖尿病患者需将血糖控制在合理范围，一般空腹血糖控制在4.4~7.0mmol/L，餐后血糖尽量控制在10.0mmol/L以下，通过良好的血糖控制来改善肠道菌群状态。