长期避孕药可能带来一些危害，比如常见的类早孕反应，约有10%的女性在服药初期会出现恶心、呕吐、头晕等类似怀孕早期的反应，一般坚持服药2-3个月后会逐渐减轻或消失。
对月经的影响
月经周期改变： 部分女性服用长期避孕药后可能出现月经周期紊乱，有的会使月经周期缩短，有的则会延长。比如原本月经周期是28天左右，服药后可能变为25天或者35天。月经量变化： 可能出现月经量减少的情况，甚至有的女性会出现闭经现象，但这种情况相对较少见，一旦出现闭经，需要及时就医检查。
对代谢的影响
体重变化： 少数人服用长期避孕药后会出现体重增加的情况，这可能与药物中的雌激素成分导致水钠潴留以及影响代谢有关。不过也不是所有服用者都会体重增加，个体差异比较明显。对血脂的影响： 长期服用可能会对血脂产生一定影响，有研究发现部分女性服用后胆固醇和甘油三酯可能会有轻度升高，但一般在正常波动范围内，不过有高血脂家族史的女性需要谨慎服用。
对身体其他系统的影响
乳腺方面： 个别女性服用长期避孕药后可能会感觉乳房胀痛、增大，这是因为药物中的激素作用于乳腺组织引起的。但一般这种胀痛不会很严重，停药后多可缓解。心血管系统： 虽然发生概率较低，但长期服用长期避孕药可能会对心血管系统有一定潜在影响，比如可能会使血压轻度升高，有高血压病史或者有心血管疾病家族史的女性使用时需要密切监测血压情况。