口腔溃疡目前并没有绝对的“特效药”，但有一些常用药物可以缓解症状、促进愈合。一般来说，局部用药相对更常用，比如复方氯己定含漱液，它能起到杀菌、消炎的作用，通常每天含漱3 - 4次，每次含漱1 - 2分钟。
局部外用药
口腔溃疡散： 这是一种传统的中药制剂，主要成分有青黛、白矾、冰片等，具有清热敛疮的作用。使用时可以用消毒棉球蘸取少量药粉，涂于溃疡表面，一般每天可涂2 - 3次。重组人表皮生长因子凝胶： 能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡愈合。清洁口腔后，取适量凝胶涂于溃疡处，每天使用4次左右。
维生素类药物
维生素B₂： 缺乏维生素B₂可能会引发口腔溃疡，适当补充维生素B₂有助于预防和治疗口腔溃疡。一般成人每天可以服用2 - 3次，每次1 - 2片（具体剂量遵医嘱）。不过，长期大量服用可能会有不良反应，所以要按照推荐剂量服用。复合维生素B： 它含有多种B族维生素，能全面补充身体所需的B族维生素，对于因B族维生素缺乏导致的口腔溃疡有一定的防治作用。服用方法通常是成人一次1 - 3片，一日3次，儿童用量酌减。
其他药物
西地碘含片： 西地碘含片的主要成分是分子碘，在唾液作用下迅速释放出碘，有杀菌、抗感染的功效。含服时，一次1片，一日3 - 5次。不过，对碘过敏者要禁用。康复新液： 它可以修复溃疡创面，促进肉芽组织生长。用医用棉球蘸取适量康复新液，涂于溃疡面，或者含漱，每天可以使用3 - 4次。