新生儿鹅口疮通常可以通过局部用药来治疗，常用的药物是制霉菌素。一般可以用2%碳酸氢钠溶液清洁口腔，之后用制霉菌素混悬液涂抹患处，多数患儿经过1-2周的治疗就能好转。
局部用药选择
制霉菌素混悬液： 它是治疗新生儿鹅口疮的常用药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用。将制霉菌素制成混悬液后涂抹在口腔患处，能有效抑制口腔内白色念珠菌的生长繁殖。2%碳酸氢钠溶液： 用2%碳酸氢钠溶液清洁口腔也很重要，它可以改变口腔内的酸碱度，创造一个不利于白色念珠菌生长的环境。家长可以用消毒棉球蘸取适量的2%碳酸氢钠溶液，轻轻擦拭新生儿的口腔黏膜。
日常护理要点
哺乳用具清洁： 新生儿使用的奶瓶、奶嘴等哺乳用具要严格清洁消毒。每次使用后都要用开水烫洗，然后放在消毒柜中消毒，或者用专门的奶瓶清洗剂清洗后再高温消毒，避免残留的奶液滋生白色念珠菌，再次感染新生儿。一般建议每天至少对哺乳用具进行一次彻底消毒。母亲乳头清洁： 如果是母乳喂养，母亲要注意乳头的清洁。每次喂奶前后，母亲都要用温水清洗乳头，保持乳头的卫生。可以用干净的毛巾擦拭乳头，防止乳头携带的白色念珠菌传染给新生儿。
预防复发措施
增强免疫力： 新生儿自身免疫力较低，要注意保暖，避免受凉感冒等情况，因为免疫力下降可能会导致鹅口疮复发。可以根据天气变化及时给新生儿增减衣物，营造一个温暖舒适的生活环境。合理喂养： 要合理喂养新生儿，保证营养均衡。如果是母乳喂养，母亲要注意自己的饮食营养，多吃富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，通过乳汁为新生儿提供充足的营养；如果是人工喂养，要按照奶粉的冲调要求进行冲调，保证奶粉的浓度适宜，避免因喂养不当导致新生儿身体抵抗力下降而引发鹅口疮复发。