通常情况下，患者出现小便疼痛且有脓流出的状况，很大可能是由淋菌性尿道炎引发的。对此可采取如下治疗方法：
一、一般治疗：
1.建议患者适度休息，不可食用生冷以及刺激性食物。
2.每日清洗尿路部位，并保持其干燥状态。
3.治疗期间尽可能避免性接触，以防出现交叉感染。
二、药物治疗：
患者务必在医生指导下用药，切不可自行用药。常用药物包括：四环素、阿奇霉素、左氧氟沙星、环丙沙星、甲硝唑等。
淋菌性尿道炎的病因包含：
一、致病菌：主要为淋球菌，其可侵入男性前尿道、女性尿道，并通过表面的菌毛黏附在尿道细胞表面。
二、诱发因素：如不洁性生活、自身免疫力低下、外伤感染等都有可能诱发淋菌性尿道炎。
需要注意的是，小便疼痛且有脓流出还可能存在其他原因，所以建议及时前往医院就诊，完善检查以明确病因后，再给予针对性的处理或治疗。
总结：患者小便疼痛伴脓流出多考虑淋菌性尿道炎，可采取一般治疗和药物治疗，同时其病因有致病菌和诱发因素等，若有此症状应及时就医检查和治疗。