胎记形成的原因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是遗传因素，有研究显示，约10%的胎记可能与遗传有关，如果家族中有胎记遗传史，后代出现胎记的几率相对会高一些。
胚胎发育过程中的异常
血管发育异常： 在胚胎发育的早期，血管组织的分化出现异常，就可能导致血管畸形从而形成血管型胎记，比如鲜红斑痣，就是由于胚胎时期血管发育的缺陷，使得真皮浅层毛细血管扩张所致。黑色素细胞聚集： 胚胎发育时，黑色素细胞从神经嵴向表皮移行的过程中，如果出现异常聚集，就会形成色素型胎记，像太田痣，就是胚胎发育中黑色素细胞未能完全从真皮层移行至表皮层，而停留在局部形成的。
孕期的一些因素影响
母体激素变化： 女性怀孕后，体内激素水平会发生很大变化，这种激素的波动可能会影响胎儿皮肤的发育，增加胎记形成的风险。例如，某些激素的异常变化可能会刺激皮肤细胞的异常增殖或分化，进而导致胎记出现。环境因素： 孕期如果接触了一些不良的环境因素，也可能对胎儿胎记的形成有影响。比如孕期接触过多的放射线、化学毒物等，虽然具体机制还不十分清楚，但有研究发现这些环境因素可能干扰胎儿正常的皮肤发育过程，使得胎记更容易产生。
其他可能因素
营养缺乏： 孕妇在孕期如果营养摄入不均衡，缺乏某些特定的维生素或矿物质，可能会影响胎儿皮肤组织的正常发育，从而增加胎记发生的可能性。不过目前关于具体是哪种营养缺乏会直接导致胎记还需要更多研究来明确。基因变异： 除了家族遗传的基因因素外，胎儿自身基因的偶然变异也可能导致胎记形成。这种基因变异可能在胚胎发育早期就发生，改变了皮肤细胞的正常生长和分化程序，最终表现为胎记。