胎记形成的原因目前尚不十分明确，一般认为可能与多种因素有关。比如，胚胎发育过程中，某些基因的异常表达可能会导致胎记的形成。据研究，血管型胎记的形成与胚胎发育时血管的异常分化有关。
血管因素导致的胎记
先天性血管畸形： 在胚胎发育早期，血管形成过程出现异常，导致局部血管结构紊乱，从而形成血管型胎记，像鲜红斑痣就是由于胚胎时期血管发育异常，真皮浅层毛细血管扩张所致。血管内皮细胞增殖： 部分胎记是因为血管内皮细胞异常增殖引起，比如草莓状血管瘤，就是在胚胎发育过程中，血管内皮细胞过度增殖，形成良性肿瘤样的胎记。
色素因素导致的胎记
色素细胞聚集： 有些胎记是由于色素细胞在皮肤内的聚集分布异常造成。例如太田痣，是由于胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行过程中，停留在真皮深处而形成的。遗传相关色素异常： 部分胎记的形成与遗传因素有关，某些遗传性综合征可能会伴随特定类型的色素胎记出现，比如神经纤维瘤病患者常伴有色素沉着斑等胎记表现。
胚胎发育环境因素
孕期母体环境影响： 孕妇在怀孕期间的一些不良因素可能影响胎儿胎记的形成。比如孕妇在孕期接触某些化学物质、受到辐射等，可能干扰胎儿皮肤组织的正常发育，增加胎记形成的几率。营养与激素水平： 孕期母体的营养状况和激素水平变化也可能对胎儿胎记产生影响。如果母体缺乏某些营养成分，或者激素水平出现异常波动，可能会干扰胎儿皮肤细胞的正常分化，进而导致胎记形成。