乳腺囊肿形成的原因主要与内分泌紊乱、乳腺结构不良以及哺乳相关因素有关。正常情况下，女性体内的雌激素和孕激素处于动态平衡状态，如果这种平衡被打破，比如雌激素水平相对过高，就容易引发乳腺囊肿。据统计，育龄期女性相对更易出现乳腺囊肿问题。
内分泌紊乱相关
激素水平失衡： 当体内雌激素分泌过多，而孕激素相对不足时，会刺激乳腺导管上皮增生，使得导管扩张形成囊肿。比如一些长期精神压力大的女性，长期处于紧张状态会影响内分泌调节，进而可能导致激素水平失衡，增加乳腺囊肿发生风险。月经周期影响： 在月经前期，女性体内激素波动较大，乳腺组织受激素影响会出现增生等变化，部分女性就可能在这个时期出现乳腺囊肿相关的不适，月经结束后部分症状可能会有所缓解，但囊肿可能不会完全消失。
乳腺结构不良导致
导管扩张与堵塞： 乳腺导管如果发生扩张，同时有分泌物堵塞导管，分泌物积聚就会形成囊肿。这种情况可能是由于乳腺导管本身的发育异常等原因引起，导管内的分泌物无法正常排出，逐渐积聚形成囊肿样结构。腺泡增生相关： 乳腺腺泡如果出现异常增生，也可能导致局部结构改变，进而形成囊肿。腺泡增生后，组织间的空间改变，容易使液体潴留形成囊肿。
哺乳相关因素
乳汁潴留： 在哺乳期，如果乳腺导管不通畅，乳汁排出受阻，乳汁在导管内潴留，就可能形成囊肿。例如有的产妇乳腺导管比较狭窄，乳汁排出不顺利，就容易出现乳汁潴留性囊肿。断奶后影响： 女性断奶后，乳腺组织需要恢复到非妊娠状态，如果这个过程中乳腺组织复原不完全，也可能导致乳腺囊肿形成。断奶后激素水平逐渐调整，但乳腺组织可能因为之前的哺乳经历出现一些遗留问题，进而形成囊肿。