子宫畸形主要是胚胎发育时期出现异常导致的。据研究，在胚胎发育的第6 - 10周，生殖嵴、中肾管和中肾旁管发育异常，就可能引发子宫畸形。
遗传因素导致
染色体异常影响： 某些染色体数目或结构的异常可能会干扰子宫的正常发育。例如，特纳综合征患者，其染色体核型为45，X0，这类患者常伴有子宫发育不良等畸形情况。研究发现，约有一定比例的子宫畸形与染色体异常相关，虽然具体比例因研究不同略有差异，但染色体的异常改变是导致子宫畸形的重要遗传方面因素。家族遗传倾向： 如果家族中有过子宫畸形的病例，那么后代出现子宫畸形的风险可能会增加。这是因为某些与子宫发育相关的基因可能存在家族性的遗传突变，使得家族成员更容易出现子宫发育过程中的异常，从而引发子宫畸形。
胚胎发育环境因素
母体孕期感染： 孕妇在妊娠早期如果感染了风疹病毒等病原体，可能会影响胚胎的正常发育。比如，妊娠早期感染风疹病毒，病毒可以通过胎盘影响胚胎的生殖系统发育，导致子宫在形成过程中出现畸形。有临床数据显示，孕期感染风疹病毒的孕妇所生胎儿出现子宫畸形的概率比未感染孕妇高一定数值。孕期药物影响： 孕妇在妊娠期间不合理使用某些药物也可能干扰胚胎的发育。例如，在妊娠早期使用了一些具有致畸性的药物，像抗肿瘤药物等，这些药物可能会作用于正在发育的胚胎，干扰子宫等生殖器官的正常形成过程，进而导致子宫畸形的发生。
其他未知因素
环境化学物质接触： 孕妇长期处于含有某些环境化学物质的环境中，如某些工业污染物等，可能会对胚胎发育产生不良影响。虽然具体的作用机制还在进一步研究中，但有研究发现，长期接触某些环境化学物质的孕妇，其胎儿出现子宫畸形的可能性有所升高。不过，目前对于具体哪种化学物质以及达到何种浓度会明确导致子宫畸形还需要更多深入研究来确定。营养缺乏影响： 孕妇在孕期如果严重缺乏某些重要营养物质，如叶酸等，也可能影响胚胎的正常发育。叶酸对于细胞的分裂和分化至关重要，缺乏叶酸可能会干扰胚胎生殖系统的发育过程，增加子宫畸形发生的风险。但这种影响并不是绝对的，还与缺乏的程度、持续时间等多种因素相关。