治疗脑血栓目前并没有所谓的“特效药”，但有几种常用的药物类型。一般来说，发病4.5小时内符合条件的患者可以使用阿替普酶等溶栓药物，这是目前较为有效的一种治疗手段，但需要在严格评估后尽早应用。
溶栓药物：
阿替普酶： 属于重组组织型纤溶酶原激活剂，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。不过使用有严格时间限制，通常要求发病4.5小时内的缺血性脑卒中患者，且需要排除一些禁忌证，像近期有严重脑出血、颅内肿瘤等情况就不能用。尿激酶： 也是一种常用的溶栓药，可直接使纤溶酶原转变为纤溶酶，起到溶栓作用，一般在发病6小时内有可能使用，但效果和安全性等方面与阿替普酶有一定差异，使用时也需要评估患者的具体状况。
抗血小板药物：
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议在脑血栓发病后尽早小剂量服用，如果没有禁忌证，多数患者需要长期服用来预防再次血栓形成，但有胃肠道疾病的患者使用时要注意可能出现的胃肠道出血等风险，有严重过敏的患者不能用。氯吡格雷： 也是抗血小板药物，作用机制是抑制血小板表面的ADP受体，进而抑制血小板聚集。它和阿司匹林联合使用在一些情况下可以更好地抗血小板，但同样要注意出血等不良反应，比如有严重肝病的患者需要谨慎使用。
神经保护类药物：
依达拉奉： 是一种自由基清除剂，能抑制脂质过氧化，减轻脑缺血再灌注损伤。可以用于改善急性脑梗死所致的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍等，不过对于重度肾功能衰竭的患者是禁用的，使用过程中要监测肾功能等指标。胞磷胆碱钠： 可以改善脑组织代谢，促进大脑功能恢复，对促进大脑功能恢复有一定帮助，一般耐受性较好，但也有个别患者可能出现胃肠道不适等情况，不过相对比较轻微。