治疗脑血栓的特效药主要有重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等，一般在发病4.5小时内使用可能效果较好。
溶栓类药物
rt-P
A： 是常用的溶栓药物，能通过激活体内纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。它需要在发病4.5小时内应用，能有效开通血管，改善脑缺血症状，但有一定出血风险等禁忌证，比如近期有颅内出血、严重高血压等情况不能用。尿激酶： 也是一种溶栓药，可直接使纤溶酶原转化为纤溶酶，溶解血栓，一般在发病6小时内可考虑使用，但同样要严格把握适应证和禁忌证，出血倾向等患者需谨慎。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是经典的抗血小板聚集药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集，预防血栓进一步形成。一般建议在医生评估后，无禁忌证时使用，比如有胃溃疡等严重胃肠道疾病的患者使用时需特别注意，可能会加重胃肠道出血风险。氯吡格雷： 属于二磷酸腺苷（ADP）受体拮抗剂，能抑制血小板聚集。它和阿司匹林作用机制有所不同，常联合用于一些急性缺血性脑卒中的患者，对于不能耐受阿司匹林的患者可以替代使用，但也有出血等不良反应风险，比如可能引起消化道出血、颅内出血等。
神经保护类药物
依达拉奉： 是一种自由基清除剂，能抑制脂质过氧化，减轻缺血再灌注损伤，保护神经细胞。它可以用于改善急性脑梗死患者的神经功能缺损症状，通常是静脉滴注给药，在发病后尽早使用效果可能更好，不过也有一些注意事项，比如肾功能不全的患者要调整剂量等。胞磷胆碱钠： 可以改善脑组织代谢，促进大脑功能恢复，对脑梗死引起的神经功能缺损有一定的修复作用，一般通过静脉或口服给药，安全性相对较高，但也需要在医生指导下根据患者具体情况使用，比如对药物成分过敏者禁用等。