全麻胃镜副作用较小，患者若有不适感主要源于麻醉药物未完全代谢以及胃内气体潴留。具体如下：
一、全麻胃镜需在静脉麻醉下进行，检查结束后麻药常未完全代谢，受检者会出现诸如头晕、困倦、走路有踩棉花感，甚至恶心、呕吐等情况，存在个体差异，部分人还会有打嗝现象。这是因为静脉麻醉后，体内的麻药需要一定时间来完全分解和排出，在此过程中就可能引发这些表现。
二、全麻胃镜操作时会向胃内充气，检查后胃内气体不能完全被抽吸干净，受检者可能感觉腹胀。这是由于充气操作导致气体在胃内残留，从而让受检者产生相应不适。
虽然全麻胃镜检查后存在上述副作用，但症状都较为轻微，待麻药完全代谢后通常很快会消失，整体而言是利大于弊的。
总结概况提示：全麻胃镜的副作用主要有头晕等因麻药未代谢完全引起的表现以及腹胀因胃内气体残留导致，不过症状轻微且会很快消失，其益处相对更明显。