卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的卵巢囊肿，可定期复查，观察其变化，通常建议每3~6个月做一次B超检查。
一、观察等待
生理性囊肿情况： 部分卵巢囊肿是生理性的，比如滤泡囊肿和黄体囊肿，多在月经周期的特定阶段出现，一般无需特殊治疗，多数会在2~3个月经周期后自行消失。像育龄女性出现的生理性卵巢囊肿，很多可不做处理，定期复查即可。小囊肿随访： 如果囊肿直径小于5厘米，且超声提示为单纯性囊肿，没有异常血流信号等不良特征，可每隔3个月复查超声，监测囊肿大小变化。
二、药物治疗
炎症性囊肿用药： 对于因盆腔炎性疾病引起的卵巢囊肿，也就是炎性囊肿，可能需要使用抗生素治疗。常用的抗生素有头孢类联合甲硝唑等，通过抗感染治疗来缩小囊肿。比如盆腔炎导致的卵巢炎性囊肿，使用合适的抗生素规范治疗后，囊肿有缩小的可能。激素相关囊肿调节： 若是因内分泌失调引起的卵巢囊肿，比如多囊卵巢综合征患者出现的卵巢囊肿，可能需要使用调节内分泌的药物，如短效避孕药等。短效避孕药可以调节激素水平，对部分内分泌因素导致的卵巢囊肿有一定的控制作用。
三、手术治疗
手术指征： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者囊肿持续存在超过3个月经周期，怀疑为肿瘤性囊肿时，通常需要手术治疗。还有囊肿发生破裂、扭转等急腹症情况时，也需急诊手术。手术方式选择： 手术方式有腹腔镜手术和开腹手术。腹腔镜手术是微创手术，具有创伤小、恢复快的优点，适用于大部分合适的患者。开腹手术则多用于囊肿较大、情况复杂或者腹腔镜手术难以完成的情况。比如卵巢囊肿直径超过6厘米，且考虑为卵巢肿瘤时，可能会选择腹腔镜手术切除囊肿，然后进行病理检查以明确囊肿性质。