肾及输尿管结石的主要症状包括疼痛、血尿等。其中，肾及输尿管结石引起的疼痛较为典型，约有半数以上的患者会出现腰部或腹部疼痛。当结石较大，在肾盂或输尿管内移动度较小时，疼痛多为钝痛，有时是隐痛；而结石较小，在肾盂或输尿管内移动度较大时，容易引起平滑肌痉挛，出现剧烈的绞痛，这种绞痛常突然发作，疼痛如刀割样，可放射至下腹部、腹股沟或大腿内侧，持续时间几分钟到数小时不等。
血尿表现
肉眼血尿情况： 部分患者会出现肉眼可见的血尿，尿液颜色呈洗肉水样或鲜红色。这是因为结石在移动过程中损伤了肾盂、输尿管的黏膜，导致血管破裂出血。不过，并不是所有患者都会出现肉眼血尿，有些患者可能只是镜下血尿，需要通过尿常规检查才能发现尿液中存在红细胞。一般来说，约有80%的患者会出现血尿症状，其中以镜下血尿较为常见。
其他伴随症状
恶心呕吐： 当结石引起输尿管梗阻时，会刺激输尿管平滑肌强烈收缩，引起反射性的恶心、呕吐。这种症状常与疼痛同时出现，患者会感到频繁恶心，随后出现呕吐，呕吐物多为胃内容物。例如，当输尿管结石导致梗阻，肾脏产生的尿液排出受阻，肾盂内压力升高，就会通过神经反射引起胃肠道的反应，出现恶心呕吐现象。尿路刺激症状： 如果结石合并感染，患者还可能出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。这是因为结石刺激尿路黏膜，合并细菌感染后，炎症刺激膀胱和尿道，导致患者频繁产生尿意，排尿时尿道有灼热感或疼痛。比如，结石引起输尿管梗阻，尿液引流不畅，容易滋生细菌，引发泌尿系统感染，从而出现尿路刺激症状。