肾输尿管结石主要的症状包括疼痛、血尿等。约半数以上患者会出现腰痛或腹部疼痛，疼痛程度可轻可重，当结石移动时，疼痛可能会较为剧烈，呈绞痛样，从腰部或侧腹部向下放射至膀胱区、外阴部及大腿内侧。
血尿表现
肉眼血尿： 部分患者可出现肉眼可见的血尿，尿液呈鲜红色或洗肉水样。不过，也有一些患者是镜下血尿，需要通过显微镜检查尿液才能发现红细胞。一般来说，结石活动容易损伤肾盂、输尿管黏膜导致出血从而引起血尿。
其他伴随症状
尿路刺激征： 如果结石合并感染，患者可能会出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。这是因为炎症刺激了膀胱和尿道黏膜，导致患者频繁产生尿意，并且排尿时有疼痛感。例如，当结石引起输尿管炎或膀胱炎时，就可能出现这些表现。恶心呕吐： 当肾输尿管结石引起输尿管梗阻时，会导致肾盂内压力升高，刺激胃肠道，引起恶心、呕吐症状。这种情况容易被误诊为胃肠道疾病，所以如果出现不明原因的恶心呕吐，同时伴有腰痛等症状，要考虑肾输尿管结石的可能。排尿异常： 结石如果在输尿管膀胱壁段，可能会引起尿道不适、排尿困难等症状。有的患者会感觉排尿不顺畅，或者有尿流中断的情况。