肾囊肿形成的原因目前尚不十分明确，可能与以下几方面因素有关。一般认为，单纯性肾囊肿可能是由肾小管憩室发展而来，随着年龄增长，肾小管憩室会逐渐增多，50岁以上人群中，约50%的人至少有一个单纯性肾囊肿。
先天发育异常导致
肾小管发育畸形： 在肾脏发育过程中，如果肾小管发生了异常的分化和融合，就可能形成一些结构上的异常，进而为肾囊肿的形成埋下隐患。比如部分肾小管在形成时出现了局部的扩张等情况，随着时间推移，就有可能逐渐发展成肾囊肿。遗传因素相关： 有些肾囊肿是遗传性的，比如常染色体显性多囊肾病，这是一种较为常见的遗传性肾病。患者体内存在特定的基因突变，会导致肾脏出现多个囊肿，一般在30 - 50岁左右开始逐渐出现症状，而且这种疾病具有一定的家族遗传性，家族中有此类患者的人群需要格外留意。
后天因素影响
感染因素： 肾脏受到细菌、病毒等病原体感染后，可能会引起肾脏组织的炎症反应，炎症刺激会影响肾脏组织的正常代谢和结构，从而增加肾囊肿形成的风险。例如，反复的尿路感染没有得到及时有效的控制，就可能对肾脏实质产生不良影响。不良生活方式： 长期不健康的生活方式也可能与肾囊肿的形成有关。长期大量吸烟的人，烟草中的有害物质会损害肾脏的微循环，影响肾脏的正常功能；长期酗酒的人，酒精对肾脏有直接的毒性作用，会干扰肾脏的代谢等过程，都可能促使肾囊肿的发生。另外，长期高盐饮食会加重肾脏的负担，影响肾脏的内环境稳定，也可能与肾囊肿的形成有一定关联。
其他相关因素
代谢异常： 当人体存在代谢异常时，比如体内的一些物质代谢紊乱，像尿酸代谢异常等，可能会在肾脏局部沉积，影响肾脏组织的正常结构和功能，进而增加肾囊肿发生的可能性。例如，高尿酸血症的患者，尿酸盐结晶如果在肾脏沉积，可能会对肾脏小管等结构造成损害，引发肾囊肿相关病变。年龄相关变化： 随着年龄的增长，肾脏的结构和功能都会发生一定的退行性变化。肾脏的血管逐渐出现硬化等情况，肾脏的血流灌注可能不如年轻时那么均匀，肾小管等结构也会逐渐出现老化现象，这些年龄相关的变化都使得老年人更容易出现肾囊肿，而且随着年龄增加，肾囊肿的发生率也会逐渐升高。