肾结石产生的原因较为复杂，通常与多种因素相关。一般来说，肾结石患者每天饮水量不足时更容易发病，通常建议每天饮水量要达到2000 - 3000毫升以上，若饮水过少，尿液中矿物质浓度会升高，容易析出形成结石。
代谢异常方面
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。比如尿液中钙含量过高，就叫高钙尿症，这种情况下尿液里的钙就容易沉积形成结石。尿酸代谢异常：体内尿酸生成过多或者尿酸排泄减少，会导致尿酸结石形成，一些喜欢吃高嘌呤食物如动物内脏、海鲜的人，就容易出现尿酸代谢异常。
局部因素方面
尿路梗阻：如果尿路存在狭窄、畸形等情况，会使尿液排出受阻，尿液在局部潴留，导致矿物质沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄，就会影响尿液从肾脏流向膀胱，容易引发肾结石。尿路感染：某些细菌感染会改变尿液的成分，为结石的形成创造条件。例如变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等结石成分沉淀。
其他因素方面
饮食因素：长期摄入高草酸食物，像菠菜、坚果、巧克力等，会增加尿液中草酸的排泄量，容易形成草酸钙结石。另外，高盐饮食也会使尿液中钙的排泄增加，增加肾结石风险。药物因素：某些药物如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等，在体内经过代谢后，可能会从尿液中析出形成结石。比如长期服用磺胺类药物的人，就有较大可能因药物代谢产物析出而长肾结石。