孕40天出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：孕40天时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。主要与胚胎染色体异常、孕妇内分泌失调、母体生殖道异常、免疫功能异常等有关。此外，孕妇在孕期过度劳累、压力过大、长期接触有害物质等，也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有阵发性下腹痛或腰背疼痛，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，胚胎发育不良，常会导致阴道不规则流血，血色暗红或深褐，量少呈点滴状，一般不会超过月经量。若出现停经后阴道流血，需警惕异位妊娠的可能，应及时就医，进行血β-HCG+B型超声检查等，以明确诊断。一旦确诊异位妊娠，应尽早治疗，可选择药物保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿有关。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多发生于停经后8-12周，出血量可多可少，色暗红，若反复大量出血，可导致贫血。B型超声检查是诊断葡萄胎的重要方法，一旦确诊，应及时清宫，术后还需定期复查，监测血β-HCG水平直至正常。
4.其他：宫颈息肉、阴道炎、宫颈炎等也可能导致孕40天出现褐色分泌物。
总之，孕40天出现褐色分泌物，可能是正常的，也可能是异常的，需要及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的处理措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉快，加强营养，按时产检。