如果是处于手术的情境，那必然是不会感到疼痛的，这是因为当前我们有着非常良好的麻醉技术。倘若为低位单纯肛瘘，在门诊就可以随即进行治疗随即离开，能够实施无痛麻醉，通过注射药物让你进入睡眠状态后再进行手术，等手术完成你就会醒来。要是高位肛瘘则可以进行腰麻，这样你的下半身都会没有知觉，同样也不会感觉到疼痛，在手术时肯定是不会有痛感的。术后肛瘘的疼痛程度，可以说比痔疮要轻许多。这是因为痔疮是要在肛管皮肤以及肛门口行经到极为敏感的这一段区域进行切除。而肛瘘是一条瘘管，我们切到肛门的这一段也是呈线状的切除，所以它所造成的创口相对而言比痔疮要小一些，并且往往只是进行比较表浅的括约肌松解，因此它的疼痛反而比痔疮要轻微。此外，我们在术后还能够使用长效止痛液，以确保术后不会有特别强烈的疼痛。
一、手术时不痛的原因：有良好的麻醉技术，如低位单纯肛瘘可做无痛麻醉，高位肛瘘可做腰麻。
1.低位单纯肛瘘的处理：门诊随治随走，无痛麻醉后手术，术后醒来。
2.高位肛瘘的麻醉方式：腰麻使下半身无知觉。
二、术后肛瘘疼痛较轻的原因：
1.与痔疮切除区域不同，肛瘘是线状切除，创口较小。
2.括约肌松解较表浅。
三、术后保障：术后可用长效止痛液避免强烈疼痛。
总之，无论是手术时还是术后，针对肛瘘都有相应的措施来减轻疼痛。