慢性结肠炎的治疗药物需根据病情来选，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，抑制炎症反应，一般需长期服用维持治疗，可能持续数月甚至数年。
抗炎药物选择
糖皮质激素： 如泼尼松等，对于病情较重的慢性结肠炎患者，能快速减轻炎症反应。但这类药物长期使用可能会有副作用，比如骨质疏松、免疫力下降等，一般是在病情急性发作时短期使用，疗程通常不超过2 - 3个月。免疫抑制剂： 硫唑嘌呤可用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的慢性结肠炎患者。它起效相对较慢，可能需要数月才能看到效果，用药期间要定期监测血常规和肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。
肠道益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，可用于慢性结肠炎伴随肠道菌群失调的患者，没有明显的年龄限制，但婴幼儿使用时需注意剂量，要按照医生指导的小儿专用剂量服用。双歧杆菌四联活菌片： 同样有助于恢复肠道正常菌群，抑制有害菌生长，对慢性结肠炎引起的腹泻、腹胀等症状有一定的缓解作用，儿童可以服用，但要根据年龄调整合适的剂量，一般儿童用量会比成人少。
对症治疗药物
止泻药： 对于腹泻较严重的慢性结肠炎患者，可短期使用蒙脱石散。它能吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜，一般成人一次服用1袋（3克），一天3次，儿童用量要根据年龄和体重调整，不过不能长期大量使用，以免引起便秘等问题。止痛药： 若慢性结肠炎患者有腹痛症状，在排除肠梗阻等严重情况后，可短期使用颠茄片等解痉止痛药，但这类药物可能会引起口干、视力模糊等副作用，用药需谨慎，且不能长时间服用。