功能性子宫出血是由于神经内分泌系统功能失调引起的异常子宫出血，其发生原因较多。比如，下丘脑-垂体-卵巢轴的调节功能紊乱是常见原因之一，约有70%的功能性子宫出血患者和这个调节轴的异常有关。
内分泌失调因素
下丘脑垂体功能异常： 下丘脑是调节内分泌的重要中枢，如果下丘脑功能出现问题，会影响垂体促性腺激素的分泌，进而干扰卵巢的功能。例如，长期精神紧张、压力过大等情况，可能导致下丘脑分泌的促性腺激素释放激素异常，使得垂体分泌的促卵泡生成素和促黄体生成素比例失调，从而引发功能性子宫出血。卵巢功能异常： 卵巢分泌的雌激素和孕激素水平波动异常也会导致功能性子宫出血。比如，卵泡发育不良时，雌激素分泌相对不足，子宫内膜不能正常生长和修复；而当卵泡排卵后，孕激素分泌不足，会使子宫内膜不能很好地从增生期转化为分泌期，就容易引起子宫出血。
全身性疾病影响
血液系统疾病： 像血小板减少性紫癜、白血病等血液系统疾病，会影响凝血功能。血小板减少会导致凝血时间延长，容易出现子宫出血不止的情况。例如，血小板减少性紫癜患者体内血小板数量明显减少，正常的凝血机制受到破坏，就可能引发功能性子宫出血相关的症状。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统的平衡。甲状腺激素分泌异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能。比如，甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响卵巢的排卵和激素分泌，进而导致月经紊乱，出现功能性子宫出血的表现。
子宫本身病变因素
子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度生长形成息肉，会影响子宫的收缩和内膜的修复。子宫内膜息肉会使子宫内膜的面积相对增大，而且息肉部位的血管比较丰富，容易引起子宫异常出血。一般来说，患有子宫内膜息肉的女性中，约有20% - 30%会出现功能性子宫出血的情况。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变子宫腔的形态，影响子宫收缩。子宫肌瘤会压迫周围的血管，导致子宫内膜静脉丛充血扩张，从而引起月经增多、经期延长等功能性子宫出血的症状。较大的黏膜下子宫肌瘤患者发生功能性子宫出血的概率相对较高。