新生儿上呼吸道感染部分可以自愈，一般轻型的病毒性上呼吸道感染，大约70%~80%的新生儿可能在1~2周内自愈。
病情较轻时的自愈情况
如果新生儿上呼吸道感染症状比较轻，只是有轻微的鼻塞、流涕，精神状态良好，吃奶正常，体温也没有明显升高，这种情况下，新生儿自身的免疫系统有一定能力去对抗病原体，经过适当的护理，比如保证充足的睡眠、适当多喂些温水，有可能在1~2周内依靠自身免疫力恢复健康。
需警惕的情况及不能自愈的可能
感染较重时
如果新生儿上呼吸道感染是由细菌引起，或者感染比较严重，出现高热不退（体温持续在38.5℃以上）、精神萎靡、拒奶、呼吸急促等情况，一般很难自愈，需要及时就医治疗。比如细菌感染引起的上呼吸道感染，可能会引发肺炎等更严重的并发症，此时必须借助药物等医疗手段来控制感染。
特殊新生儿群体
对于早产儿、有基础疾病（如先天性心脏病、免疫缺陷病等）的新生儿，即使是轻型的上呼吸道感染也不容易自愈，因为他们的免疫力相对更弱，身体的恢复能力较差，感染容易扩散加重，需要密切观察并积极治疗。
护理对自愈的影响
在新生儿上呼吸道感染时，合理的护理有助于促进自愈。比如保持室内空气流通，温度保持在22~25℃，湿度在50%~60%左右，这样有利于新生儿呼吸顺畅。如果有鼻塞，可以用生理盐水滴鼻，软化鼻痂后再用吸鼻器轻轻吸出，改善通气，这对缓解上呼吸道感染的不适有帮助，从而在一定程度上促进身体恢复。但如果感染情况超出了自身修复能力，就不能单纯依靠护理等待自愈，要及时采取医疗干预措施。